هسته اولیه دانشکده محیط زیست در شهریور 1353 به نام مرکز هماهنگی مطالعات محیط زیست در دانشگاه تهران تشکیل شد. این دانشکده که اولین دانشکده تحصیلات تکمیلی دانشگاه تهران است بعد از کنفرانس سران زمین در استکهلم در سال 1350 (1972 میلادی) و توجه جهانی به محیط زیست با عنوان اولیه مرکز هماهنگی مطالعات محیط زیست در دانشگاه تهران تاسیس گردید. این مرکز با توجه به ضروریات کشور در زمینه های زیست محیطی تحقیقاتی را انجام داد و توانست در زمان خود منشا اثرات مهمی در ارتقای کیفیت محیط زیست در کشور شود. در ادامه این مرکز دردهه 60 به موسسه مطالعات محیط زیست و درنهایت درسال 1373  به سطح دانشکده محیط زیست ارتقا یافت.